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托庫門機場是中美洲最繁忙的機場，也是巴拿馬航空的主要樞紐，這意味著從這裡出發前往美洲各地的航班班次頻繁且通常準時。機場有兩個航站樓：1號航站樓主要處理大部分國際航班和巴拿馬航空的航班，而新建的2號航站樓則服務其他國際航空公司。郵輪旺季期間，入境檢查可能會排隊；提前準備好所有文件可以大大加快通關速度。

阿爾布魯克機場是巴拿馬城的國內機場，主要營運飛往博卡斯德爾托羅、聖布拉斯、戴維及其他週邊地區的小型飛機航班。機場規模不大，易於導航，位於原運河區內，比托庫門機場更靠近市中心。大多數航班都在清晨起飛，因此如果您是從國際航班抵達後轉機，建議考慮在附近過夜。