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L'aeroporto di San Francisco (SFO) opera su quattro terminal: Terminal 1, 2, 3 e il Terminal Internazionale, collegati tra loro da un treno nella zona partenze e dal servizio gratuito AirTrain. United Airlines domina il mercato con le sue operazioni principali nei Terminal 1 e 3, mentre le compagnie aeree internazionali si concentrano nelle aree d'imbarco A e G del Terminal Internazionale. Le code alla dogana statunitense possono essere lunghe in caso di voli transatlantici e transpacifici; si consiglia di prevedere almeno 60-90 minuti per le procedure di immigrazione in caso di arrivo da voli internazionali.

L'aeroporto di Oakland è un'alternativa pratica per chi viaggia con un budget limitato, servito principalmente da Southwest Airlines e da alcune compagnie aeree low cost nazionali. Per raggiungere San Francisco da Oakland è necessario prendere una navetta gratuita fino alla stazione BART di Coliseum, seguita da un viaggio di 30 minuti in BART attraverso la baia. È importante tenere conto di questo tragitto aggiuntivo quando si confrontano le tariffe: un risparmio di 30 dollari sul biglietto può svanire in una corsa in taxi.

L'aeroporto di San Jose (SJC) è il più piccolo dei tre aeroporti della Bay Area ed è più utile per i viaggiatori la cui destinazione finale è la South Bay o la Silicon Valley, piuttosto che San Francisco stessa. Southwest, Alaska e United offrono i voli più frequenti. Per raggiungere il centro di San Francisco da SJC è generalmente necessario un servizio di ridesharing o un'auto a noleggio; il collegamento con Caltrain prevede un cambio in autobus e impiega oltre 90 minuti.