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L'aeroporto di Vilnius è il principale scalo internazionale della Lituania e gestisce la stragrande maggioranza del traffico passeggeri di linea del paese. Dispone di due terminal: il terminal internazionale principale e un terminal più piccolo per voli nazionali e regionali. Tra le compagnie aeree che vi operano più frequentemente figurano Ryanair, Wizz Air e airBaltic. L'aeroporto è compatto per gli standard europei, il che significa che le procedure di ritiro bagagli e controllo doganale sono generalmente rapide.

L'aeroporto di Kaunas funge da scalo secondario, gestito principalmente da Ryanair con rotte verso diverse città del Regno Unito e dell'Europa. Si tratta di un piccolo aeroporto con un unico terminal, caratterizzato da un'atmosfera rilassata e tempi di elaborazione brevi. I viaggiatori diretti a Vilnius possono prendere un autobus o un servizio di trasferimento condiviso, sebbene il viaggio duri circa 90 minuti.