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L'aéroport international de San Francisco (SFO) comprend quatre terminaux : les terminaux 1, 2, 3 et le terminal international. La partie piste est reliée par un train, et la partie ville par la navette gratuite AirTrain. United Airlines domine le trafic aérien grâce à ses plateformes de correspondance situées dans les terminaux 1 et 3, tandis que les compagnies internationales se concentrent dans les zones d'embarquement A et G du terminal international. Les files d'attente à la douane américaine peuvent être longues aux arrivées de vols transatlantiques et transpacifiques ; prévoyez au moins 60 à 90 minutes pour le passage de l'immigration si vous arrivez d'un vol international.

L'aéroport d'Oakland est une alternative pratique pour les voyageurs à petit budget, desservi principalement par Southwest Airlines et quelques compagnies aériennes low-cost nationales. Pour rejoindre San Francisco depuis OAK, il faut prendre une navette gratuite jusqu'à la station BART Coliseum, puis le BART pour traverser la baie (30 minutes de trajet). Il est important de tenir compte de ce trajet supplémentaire lors de la comparaison des tarifs : une économie de 30 USD sur le billet peut vite se transformer en une perte considérable en taxi.

L'aéroport SJC est le plus petit des trois aéroports de la baie de San Francisco et est surtout utile aux voyageurs dont la destination finale est la South Bay ou la Silicon Valley plutôt que San Francisco même. Les compagnies Southwest, Alaska et United y proposent les vols les plus fréquents. Pour rejoindre le centre de San Francisco depuis SJC, il faut généralement opter pour un covoiturage ou une location de voiture ; la correspondance avec Caltrain nécessite un changement de bus et dure plus de 90 minutes.