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O Aeroporto Internacional de Maputo é a principal porta de entrada internacional de Moçambique, responsável pela maior parte das ligações regionais e de longa distância. O terminal é compacto, com um único hall de chegadas internacionais; as filas da imigração podem ser extensas durante a época alta, por isso, reserve tempo extra. A LAM Mozambique Airlines e a South African Airways operam os voos mais frequentes para este aeroporto.

O Aeroporto de Pemba é um pequeno centro regional no norte de Moçambique, o principal ponto de entrada para viajantes que se dirigem ao Arquipélago das Quirimbas. O terminal é básico, com instalações mínimas, mas o aeroporto é gerido de forma eficiente e raramente fica congestionado. A LAM Moçambique opera voos domésticos regulares a partir de Maputo.

O Aeroporto de Vilanculos é o ponto de partida para o Arquipélago de Bazaruto e recebe voos domésticos de Maputo. O aeroporto é muito pequeno e não possui salas VIP, mas o tempo de espera é rápido. As travessias de barco para as ilhas de Bazaruto e Benguerra são organizadas pelos lodges e partem da praia próxima.