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L'aeroporto internazionale di Maputo è il principale scalo internazionale del Mozambico e gestisce la maggior parte dei collegamenti regionali e intercontinentali. Il terminal è compatto e dispone di un'unica sala arrivi internazionali; durante l'alta stagione possono formarsi lunghe code ai controlli di immigrazione, quindi è consigliabile prevedere del tempo extra. Le compagnie aeree che operano i voli più frequenti sono LAM Mozambique Airlines e South African Airways.

L'aeroporto di Pemba è un piccolo scalo regionale nel nord del Mozambico, principale punto di ingresso per i viaggiatori diretti all'arcipelago delle Quirimbas. Il terminal è essenziale e dotato di servizi minimi, ma l'aeroporto è gestito in modo efficiente e raramente congestionato. La compagnia aerea LAM Mozambique Airlines opera regolari collegamenti nazionali da Maputo.

L'aeroporto di Vilanculos è il punto di partenza ideale per esplorare l'arcipelago di Bazaruto ed è servito da voli nazionali provenienti da Maputo. L'aeroporto è molto piccolo e privo di sale d'attesa, ma le operazioni di transito sono rapide. I trasferimenti in barca per le isole di Bazaruto e Benguerra vengono organizzati tramite i lodge e partono dalla spiaggia vicina.