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L'aéroport international de Maputo est la principale porte d'entrée internationale du Mozambique, assurant la majorité des liaisons régionales et long-courriers. Le terminal est compact et ne dispose que d'un seul hall des arrivées internationales ; les files d'attente à l'immigration peuvent être longues en haute saison, prévoyez donc plus de temps. Les compagnies LAM Mozambique Airlines et South African Airways proposent les vols les plus fréquents.

L'aéroport de Pemba est un petit aéroport régional du nord du Mozambique, principal point d'entrée pour les voyageurs se rendant dans l'archipel des Quirimbas. Le terminal est rudimentaire et ses infrastructures minimales, mais l'aéroport est bien géré et rarement encombré. La compagnie LAM Mozambique Airlines assure des vols intérieurs réguliers au départ de Maputo.

L'aéroport de Vilanculos est le point de départ pour l'archipel de Bazaruto et est desservi par des vols intérieurs en provenance de Maputo. Cet aéroport, de petite taille et sans salons d'attente, offre une escale rapide. Les transferts en bateau vers les îles de Bazaruto et de Benguerra sont organisés par les lodges et partent de la plage voisine.