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L'aéroport international de Sarajevo est un aéroport à terminal unique qui gère l'ensemble du trafic aérien international et national. Austrian Airlines, Wizz Air et Turkish Airlines figurent parmi les principales compagnies aériennes qui y opèrent. Le contrôle des passeports est compact et généralement rapide, même si le hall des arrivées peut être encombré les samedis après-midi d'été, période de forte affluence.

L'aéroport de Mostar est un petit aéroport régional desservant le sud de la Bosnie-Herzégovine. Il propose des vols charters saisonniers et des liaisons à bas prix depuis certaines villes européennes. Son offre est plus restreinte qu'à Sarajevo, avec peu de vols réguliers toute l'année. Il est conseillé de vérifier si votre ville de départ propose un service direct saisonnier, ce qui vous évitera le long trajet terrestre depuis Sarajevo.